Çocuklarda baş ağrısının genel olarak görülme sıklığı yaşla birlikte artar. Yaş gruplarına göre sıklığı ise 6-15 yaş grubunda %40, 15 yaş sonrasında ise %75 oranındadır.

Baş ağrısının ortaya çıkış şekli ve tekrarlama özellikleri göz önüne alındığında oluşumunun bir çok farklı faktörden kaynaklandığı görülür. Hastanın daha önce hiçbir şikayeti yokken ağrı aniden ortaya çıkıyor, şiddetli baş ağrısında ateş de görülüyorsa, bunun sistemik bir enfeksiyon olması ihtimali vardır. Menenjit gibi ciddi bir enfeksiyon hastalığı, böyle bir problemin nedeni olarak karşımıza çıkabilir. Hipertansiyon, epileptik bir nöbet sonrası beyin damarlarında ani tıkanmalar, sinüzit, diş enfeksiyonları, kulak enfeksiyonları ve göze ait sorunlar diğer nedenler olarak sıralanabilir. Obezite, anemi (kansızlık), fazla dozda alınan vitaminler (özellikle A Vitamini) ve kortizon tedavisi de baş ağrısı nedeni olabilir.

Bazen yalnızca "analjezik"in sık kullanılması, yani çok sık ağrı kesici kullanma alışkanlığı kronik baş ağrısına yol açabilir ya da var olan migreni şiddetlendirebilir. Ağrı, belirli aralıklarla tekrarlıyorsa yani ağrılı ve ağrısız dönemler birbirini izliyorsa, özellikle çocukluk çağı migrenini düşünmek gerekir.
Migren 7 yaşın altında %2-5, 7-15 yaş arasında ise %5-8 oranında görülür. Ergenlik sonrası dönemdeki kızlarda migren 2 kat daha fazladır. "Ebeveynlerde migren tanısı varsa çocuklarında görülme sıklığı %40-70 arasında değişir."

Kaygılar, hormonal değişiklikler, kafa travması, açlık, kızlarda menstürasyon (adet kanamaları) ve bazı çevresel faktörlerle migren veya diğer başağrıları tetiklenebilir. Nadir olarak da aşırı yorulma ve aşırı ses, aşırı ışık, migrende tetikleyici faktör olarak rol oynayabilir.
Başağrılarında nadirde olsa önemli bir neden saptanabilir. Beyin tümörü veya beyin damar genişlemeleri olarak ifade edilen anevrizmalar bunların başında gelir.

Çocukluk baş ağrılarında yakınmanın şiddeti ve sıklığı zaman içinde artıyorsa; kafa içinde yer kaplayan tümörler, hidrosefali gibi nedenler düşünülmelidir. Tümörün hacmi arttıkça, çevresindeki dokulara yaptığı baskı ile kafa içindeki basıncı artırmakta ve baş ağrısına neden olmaktadır. Beyin tümörleri baş ağrısı olan çocukların %1'inden azında görülür.